1999년 북한은 자신들의 꽃게잡이 어선들을 보호한다는 미명하에 6월7일 경비정 1척이 북방한계선(NLL)을 침범한 이래 해상교전이 발발한 6월15일까지 9일간 총 11여회에 걸쳐 우리 관할해역을 침범하였다. 6월7일 오전 9시 북한 경비정 1척이 북방한계선(NLL)을 침범한 이래, 8일까지 양일간 북한어선 15척이 NLL을 4~7㎞까지 침범하고 북한 경비정이 3~4회 침범과 철수를 반복하였다.

이에 우리 해군은 국제법에 의거 고속정 2개 편대의 신호로 철수를 요구하다가, 북한 함정의 행위가 의도적이라고 분석 판단하여 고속정들로 하여금 진입차단 기동작전을 펼쳤다.

9일부터는 북한이 경비정을 7척으로 증강하는 한편, 경비정 · 어뢰정 편대를 구성하여 NLL을 7~13.7㎞까지 침범하며 도발의 수위를 높이자, 우리 해군은 초계함 2척, 고속정 6개 편대를 현장에 투입하여 북한 전력대비 우위전력을 유지하고, 적의 도발에 대비하여 만반의 대비태세를 갖추었다.
6월 9일 0600시부터 10일 0400시까지 북한 경비정 8척 중 7척이 NLL을 13.7㎞까지 침범하였으며, 이를 저지하기 위해 출동한 우리 고속정에 대해 북한 경비정이 충돌기동을 시도하여 양측 함정 간에 경미한 손상을 입게 되었다.
이어 6월 11일 0350시부터 1340시까지는 북한 경비정 4척이 NLL을 13.7㎞를 침범하고 우리 고속정에 충돌을 시도하자 우리 고속정은 이에 맞대응 충돌하여 북한 경비정 4척 선체 손상 및 함미 폭뢰대를 대파 했으며, 우리 고속정은 4척이 경미한 손상을 입었다.
교전이 일어난 15일에는 0610시 북한 경비정 4척이 NLL을 침범하였고, 0840시 북한 경비정 3척이 추가로 NLL을 침범하여 앞서 침범한 4척과 함께 우리 고속정에 충돌을 시도, 0904시 북한 어뢰정 3척이 고속으로 남하하여 우리 초계함에 고속 접근하자 0907시 우리 고속정 6척이 맞대응하여 역 충돌을 시도하였다. 우리 고속정이 북한 어뢰정을 대상으로 충돌을 시도하자 북한 경비정이 우리 고속정에 대해 소총사격과 25mm 기관포를 발사하기 시작하였고 추가로 증원된 3척의 경비정을 포함하여 총 10척의 북한 함정들이 우리 측 함정을 향해 공격해왔다.
북한 함정의 선제 기습공격에도 불구하고 우리 해군은 북한 함정들을 향해 돌진하며 40mm와 76mm 기관포로 응사하여 교전이 일어난 지 14분여 만에 북한 함정을 격퇴하는 승리를 거두었다. 교전이 발발한지 14분만 에 10척의 북한함정들 중 어뢰정 1척을 침몰시키고 중형 경비정 1척 반침몰, 구잠함 1척 대파, 소형 경비정 2척 기관실 파손, 대형 경비정 1척 대파와 다수의 사상자가 발생(추정)하는 큰 전과를 기록했다. 이에 반해 우리 해군의 피해는 4척의 고속정과 1척의 초계함만이 기관실 및 선체 일부가 파손되고 고속정 승조원9명의 비교적 가벼운 부상을 입는 데 그쳤다.
그러나 제1연평해전은 이러한 수치적 전과보다는 북한과의 교전을 통해 기동력과 화력, 작전능력은 물론 장병 정신전력도 우리가 월등히 앞선다는 것을 실감하고 싸우면 이긴다는 자신감을 얻었다는 것이 가장 값진 성과라 할 수 있다.